南方医科大学图书馆随学校创办而诞生、随学校的变迁而变迁，历次更名为：1951年东北军区军医学校图书室、第十一军医中学图书室、第十一军医学校图书室，1958年齐齐哈尔医学院图书馆，1962年解放军齐齐哈尔医学院图书馆，1965年齐齐哈尔军医学院图书馆，1966年中国人民解放军医学院图书馆，1975年改称第一军医大学图书馆，2004年8月学校整体转制，移交广东省办学，改为现名南方医科大学图书馆。南方医科大学图书馆秉承“资源、服务、管理”三位一体的发展模式，是广东省的医学数字化教育教学资源中心和广东省高校图工委医学专业分会主任委员单位。

    南方医科大学图书馆现由校本部和顺德两个馆区组成，总建筑面积44，661平方米。现有在编人员37名，其中博士1名，硕士6名，本科及以上学历（学位）18名，副高及以上职称7人，中级职称6人，初级职称1人，中级及以上职称13人占全馆在编人员总数的35%。图书馆下设下设流通阅览部、文献资源建设部、电子资源部、参考咨询部、综合业务部、图书馆办公室和医学情报学教研室。